In höchster Not müssen Bernd Roland und Toni Burian auf freier Strecke den fahrenden Zug verlassen. Beim Absprung wird Bernd Roland verletzt. Doch es gelingt ihm, ein Lazarettauto zu stoppen und den Befehl zu erteilen, ihn und Burian bis nach Berlin mitzunehmen. In der Hauptstadt angekommen, unternehmen Roland, Burian und der sowjetische Kundschafter Boris (Gunter Schoß) alles in ihren Kräften stehende, um ihre Instruktionen mit Erfolg abzuschließen. Das heißt konkret, in Erfahrung zu bringen, welche Pläne die SS für die letzten Kämpfe um Berlin hat.
“Geheimkommando Spree” war die Fortsetzung der Kundschafterfilme “Geheimkommando Bumerang” (1966) und “Geheimkommando Ciupaga” (1967). Im Frühjahr 1945 ist es definitiv: die endgültige Niederlage des faschistischen Deutschlands ist unabwendbar, nur noch wenige Wochen, dann wird das Hitlerregime Geschichte sein.